尖锐湿疣的治疗周期可分为:
周期一：潜伏期治疗
有些患者不太重视潜伏期的治疗，这里所说的潜伏期治疗，是指夫妻一方已有明显的尖锐湿疣症状，而另一方暂时没有尖锐湿疣症状的发生，对暂时没有发生尖锐湿疣的一方来说，很大程度上处于潜伏期。从潜伏期来讲，如果女性处于潜伏期，则后期发生尖锐湿疣症状的可能性较高，男性没有女性高，这主要是因为生理结构的不同。潜伏期的治疗最少两周，因为两周到三个月是尖锐湿疣潜伏的平均时间。
周期二：去除疣体期
使用外用药物去除尖锐湿疣疣体一般只需要3到5天。疣体较大或部位特殊者，一般需要10天左右。如果从尖锐湿疣症状发生算起，尖锐湿疣患者直接进入去除疣体期。在这个过程中，以患者使用治疗药物的不同时间不同，好的治疗药物一次去初疣体，有些药物可能会引起患者的不适，如瘙痒、溃烂等，所以，有条件的患者可以选择外用中药相对比较安全和稳妥。并且尽量选择安全无副作用的药物。
周期三：巩固期
有些针对某产品将这个期称为防复发期。也就是先采用一种药物腐蚀掉疣体，然后再使用其他药物杀死病毒。好的药物是在去疣体的同时杀死病毒，而不是去掉疣体再杀病毒。这是治疗尖锐湿疣和去疣杀毒的区别。巩固期的作用是让疣体完全自然脱落掉，并将疣体下方、周围皮肤黏膜中的病毒彻底清除。这个周期因人、部位而异，一般为20天左右。
周期四：预防观察期
这个周期也是比较关键，因为，尖锐湿疣的传播性很强，一方面皮肤黏膜中的病毒如果没有清除，则自身会重新发生尖锐湿疣症状。另一种情况是，原患部病毒已完全清除，但接触物上的病毒仍旧存在，这样，也可能重新发生尖锐湿疣。还有一种情况是，夫妻之间，一方尖锐湿疣已经治疗，另一方处于潜伏期，但没有症状发生也没有治疗，这样，双方同房后，原症状消褪的一方也可能复发。这种情况女性比较多见。所以，在尖锐湿疣的治疗上，巩固期可以稍长一些，在治疗过程中，一定要防止病毒传播，夫妻中的另一方同时治疗。这个期一般为3个月。3个月以后的半年当中，采取保护措施为妙。
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